Jahrhunderte lang waren die Einwohner von Baisingen nur Untertanen, die Frondienste und Steuerabgaben zu leisten hatten, aber keine Rechte und Mitwirkungsmöglichkeiten besaßen. Mehrmals wurden sie zusammen mit ihrem Territorium an einen anderen Ortsherren verkauft. Besonders erwähnenswert ist, dass es in Baisingen keine Leibeigenschaft gab.

Über die Anfänge der Gemeinde als politische Körperschaft ist wenig bekannt, es fehlen schriftliche Überlieferungen. Der erste bekannte Baisinger Schultheiß hieß Cuntz Ufning und fungierte 1370 als Zeuge in einem Prozess. 1478 wird ein Dorfgericht erwähnt. Von 1559 sind zwei Nachbarschaftsverträge der Gemeinde Baisingen mit den Gemeinden Vollmaringen, Göttelfingen und Ergenzingen erhalten.

Aus dem Jahr 1584 stammt ein Protokoll vom jährlichen Vogtgericht. Dabei wurden auch die acht Mitglieder des Dorfgerichts bestimmt. Zu einem eigenen Schul- und Rathaus kam die Gemeinde erst 1810 durch den Kauf des Kränzlerschen Hauses.

Ab 1744 sind die Bürgermeisterrechnungen erhalten. Sie zeigen, dass die Einkünfte aus Gemeindebesitz ziemlich gering waren. Durch verschiedene Gebühren konnten die Einnahmen verbessert werden: jede jüdische Familie musste den Judentaler jährlich zahlen, es gab Bürgeraufnahme und -abzugsgeld.

Ausgaben für Baumaßnahmen der Gemeinde fielen nur für den Unterhalt des öffentlichen Brunnens, des Waschhauses und des Schäferhauses an. Wegebau wurde wohl im Frondienst erledigt.

1766 gab die Gemeinde eine Feuerspritze in Auftrag und immer wieder mussten neue Feuereimer beschafft werden.

1806 kam Baisingen zum Oberamt Horb und damit zum Königreich Württemberg und erhielt so das Recht auf eine eigenständige Verwaltung. Es gab einen Gemeinderat mit 6 Mitgliedern, die bis 1849 auf Lebenszeit gewählt wurden. Danach wurden die Räte auf 6 Jahre gewählt, alle zwei Jahre wurde in einem rollierenden System ein Drittel neu gewählt. Bis 1906 wurde der Schultheiß auf Lebenszeit gewählt, danach auf 10 Jahre.

Die Jahre 1816/17 und 1846/47 waren Notjahre. Die extrem nasse und kühle Witterung führte zu Missernte, Teuerung und Hungersnot. Es setzte eine regelrechte Auswanderungswelle vor allem nach Nordamerika ein. In der Baisinger Chronik wird von 76 Familien berichtet, die ausgewandert sind.

1844/45 wurde ein neues Schul- und Rathaus gebaut, nachdem bis dahin alte Häuser mehr schlecht als recht als Schulhaus gedient hatten.

1871 wurde das Königreich Württemberg Bundesstaat des Deutschen Reiches unter preußischer Führung.

Im 1. Weltkrieg (1914 -1918) gab es zwar keine Kriegsschäden in Baisingen, aber es waren 36 Gefallenen und zwei Vermisste zu betrauern. Die Nachkriegsjahre waren hart und entbehrungsreich, die Bevölkerungszahlen nahmen weiter ab, ebenso die Zahl der landwirtschaftlichen Betriebe.

1926 wurde auf Privatinitiative ein Postauto beschafft, das die Strecke Baisingen - Ergenzingen zwei Mal täglich bediente.

1933 musste Bürgermeister Anton Teufel sein Amt für den "national eingestellten" Bürgermeister Anton Raible freimachen. Am 15. Mai 1945, das Dritte Reich war vorbei, wurde Anton Teufel wieder als kommissarischer Bürgermeister eingesetzt. Das Gemeinderatsprotokoll aus den Jahren des 3. Reichs war und blieb verschwunden.

Im Sommer 1945 kehrten fünf der deportierten Juden nach Baisingen zurück, über 60 waren in den Konzentrationslagern ermordet worden. Ein 1948 errichtetes Mahnmal auf dem jüdischen Friedhof erinnert an sie.

Am 15. September 1946 finden die ersten Kommunalwahlen nach dem Krieg statt. Die Hauptaufgabe der Verwaltung war zunächst die Unterbringung zahlreicher Flüchtlinge aus den Ostgebieten.

Ab den 1950er Jahren begann mit dem wirtschaftlichen Aufschwung auch eine private und kommunale Bautätigkeit. 1954 wurde das Lehrerwohngebäude fertiggestellt, 1959 der neue Kindergarten mit Schwesternstation. Es folgten das Mostereigebäude mit Sparkasse 1958, der Neubau des Schlachthauses 1964 und die Leichenhalle auf dem Friedhof 1967.

1969 kaufte die Gemeinde das Schlossgebäude samt Grundstück und Schlossscheuer von der Kirchengemeinde. 1980 wurde der Schlosssaal zu einem Gemeindesaal umgebaut, 1989 wurde der Jugendraum im Schlosskeller fertig und ebenfalls 1989 zog die Ortsverwaltung ins Schloss um.

Am 1. Dezember 1972 wird Baisingen Teil der Stadt Rottenburg am Neckar.

Die größte Baumaßnahme war der Umbau der Schlossscheuer zur Mehrzweckhalle. Mit Fördermaßnahmen vom Land, vor allem aber durch das Engagement des Fördervereins Schlossscheuer Baisingen und den enormen Eigenleistungen der Baisinger in Höhe von 600 000 DM konnte das Projekt im November 2002 abgeschlossen werden.