Baisingen gehört zu den ältesten Siedlungen des Landes. Urkundlich wird es allerdings erst relativ spät genannt.

Bereits während der Jungsteinzeit (ca. 5000/4500 v. Chr.) sind die ersten sesshaften Bauern in Baisingen nachweisbar.

Im 8. Jahrhundert vor Christus entstand der weithin sichtbare "Bühl", vermutlich ein Keltengrab. Im Juni 1893 fand man bei Grabungen die Reste eines Bronzekessels, Hals- und Armringe aus Bronze und Gold sowie einen Ring aus Bernstein. Diese Grabbeigaben lassen vermuten, dass ein Mitglied der begüterten Führungsschicht hier bestattet wurde.

Auch die Römer hinterließen ihre Spuren in Baisingen, wenn auch nur unbedeutende Mauerreste eines Gutshofes.

Baisingen wird erstmals in einer lateinisch geschriebenen Urkunde des Kloster Kirchberg erwähnt. Darin wird am 1. März 1258 beurkundet, dass der Ritter Friedrich von Eutingen seine Güter in "Bözzingen" und Rohrdorf an das Kloster Kirchberg verkauft habe.

Von 1380 - 1507 waren die Herren von Gültlingen die Baisinger Ortsherren, von 1507 - 1632 waren die Ortsherren die Schütz von Eutingertal.

Aus dem Jahr 1596 stammt der erste Nachweis sogenannter »Schutzjuden«.

Der 30jährige Krieg (1618 -1648) brachte auch für Baisingen Elend und Zerstörung. Das Schlossgut war verwüstet und es lebten zeitweise nur noch 6 Familien in Baisingen.

Nach einer kurzen Zeit (1658 - 1696), in der Hans Georg von Wernau Ortsherr war, erbten 1696 die Schenken von Stauffenberg u.a. das Rittergut Baisingen. Einer der Schenken ließ 1731 den Neubau des Schlosses ausführen.

1755 wurde die Kirche St. Anastasia erbaut.

Der Ortsherr Anton Schenk von Stauffenberg überließ 1778 den Juden einen Platz am Waldrand als Friedhof und 1782 genehmigte er den Bau der Synagoge. Außerdem erließ er 1787 eine Schulordnung, die den Besuch der Winterschule vorschrieb. Zuvor war 1782 die erste Volksschule im Ort eingerichtet worden.

1806 kam Baisingen zum neuen Königreich Württemberg mit dem württembergischen Oberamtmann in Horb. Baisingen, ein typisches Straßendorf, hatte zu dieser Zeit ca. 550 Bewohner, davon 110 Juden. Im Jahr 1843 waren es 727 Einwohner, darunter 235 Juden.

1817 brannten das Schloss und die Schlossscheuer komplett ab. Sie wurden 1820 wieder aufgebaut.

1827 wird die jüdische Volksschule eingerichtet und wegen Platzmangels wird 1837 die Baisinger Synagoge vergrößert.

1844 wurde das Schul- und Rathaus gebaut.

1848 erlebten die Juden Baisingens den sogenannten Judenkrawall. Im Rahmen der Revolution von 1848 war es zunächst im Badischen zu Ausschreitungen gegen Juden gekommen. Am Pessachfest rotteten sich ca. 40 Männer aus Baisingen zusammen und verwüsteten die Häuser und Wohnungen der jüdischen Mitbürger, außerdem kam es zu Gewalttätigkeiten gegenüber den Juden. Die Scheiben der Synagoge wurden eingeschlagen und in den Innenraum Steine und Prügel hineingeworfen. 1850 wurden die Anführer des "Judenkrawalls" zu fünf Jahren Zuchthaus verurteilt, andere Teilnehmer zu 4 Jahren Arbeitshaus.

1875 kann die Einrichtung der Ortswasserversorgung gefeiert werden.

1890 erreicht Baisingens Einwohnerzahl mit 861 Einwohnern einen vorläufigen Höchststand. In diesem Jahr wird auch die Kirche St. Anastasia grundlegend umgebaut: sie erhält einen neuen Turm und einen verlängerten Kirchenraum.

1910 kommt die elektrischen Energie nach Baisingen

1914 - 1918: Im Ersten Weltkrieg hat Baisingen 36 Gefallene und zwei Vermisste zu beklagen, auch jüdische Mitbürger hatten für ihr Vaterland Deutschland gekämpft und ihr Leben gelassen.

Während der Reichspogromnacht am 10. November 1938 wird auch die Baisinger Synagoge von der SA verwüstet, alles Brennbare aus der Synagoge wird verbrannt. Die Synagoge wird bis 1988 als Scheune genutzt und entgeht so einem Abbruch.

1941/42: Mehr als 60 Juden werden aus Baisingen deportiert. Nur vier überleben das Ende des Zweiten Weltkriegs.

Am 18. April 1945 besetzten französische Truppen den Ort.

Am 1. Dezember 1972 wird Baisingen Teil der Stadt Rottenburg am Neckar.

1988 erwirbt die Stadt Rottenburg die Synagoge, die seit 1940 in Privatbesitz war und als Scheune genutzt wurde.

Seit 1940 war die Synagoge in Privatbesitz und wurde als Scheune genutzt.Um das Synagogengebäude erhalten und restaurieren zu können, gründet sich am 27. Januar 1989 der Förderverein Gedenkstätte Synagoge Baisingen. Nach einer ausführlichen Diskussion um das Restaurierungskonzept wird die ehemalige Baisinger Synagoge 1998 nach achtjähriger Renovierungsarbeit feierlich als Gedenkstätte eröffnet.

Ebenfalls mit erheblichem Aufwand und einer beachtenswerten Beteiligung der Bürgerschaft wird die Schlossscheuer restauriert und im Jahr 2002 als neues Mehrzweckgebäude eingeweiht.

Im Jahr 2008 kann Baisingen sein 750-jähriges Jubiläum feiern.